هر گونه یک مجموعه کروموزومی، کاریوتیپ، ویژه دارد. کاریوتیپ بالاترین سطح سازماندهی عملکردی و ساختاری ژنوم هسته ای است. با مقایسه کروموزوم های تاکسون های مختلف می توان به اطلاعات مفیدی راجع به الگوها و مکانیزم های تکامل کاریوتیپ و اهمیت آن در تنوع و گونه زایی پی برد. ثبات کاریوتیپ، هم در تعداد کروموزوم ها و هم در ساختار، لازمه انتقال کامل ماده ژنتیکی به نسل بعد است. از طرف دیگر تنوع در کاریوتیپ به تغییرات تکاملی منجر می شود. تعداد کروموزوم ها، اندازه، تقارن ازجمله صفات کاریوتیپی هستند که عموما جهت آنالیزهای تکاملی مقایسه ای ثبت می شوند. آنیوپلوییدی، دیس پلوییدی و پلی پلوییدی پدیده های سیتوژنتیکی هستند که نقش آنها در تکامل بسیاری از گروههای نهاندانه به اثبات رسیده است. مطالعه شکل، تعداد، اندازه و رفتار کروموزوم ها در تقسیم جنسی و سوماتیکی و در اندام های مختلف گیاهی هدف آزمایشگاه سیتوژنتیک است.