محاسبه شاخص( OrthoANI (Orthologous Average Nucleotide Identity Tool پروکاریوت ها

محاسبه شاخص( OrthoANI (Orthologous Average Nucleotide Identity Tool  پروکاریوت ها (کد خدمت MG04)

شرایط ارسال نمونه: سکانس ژنومی assemble شده با کیفیت برای دو سویه مورد بررسی

شرح خدمت و هدف: اگر چه شاخص ANI به طور گسترده ای برای طبقه بندی و شناسایی باکتری ها استفاده می شود، شاخص OrthoANI برای غلبه بر تفاوت های بزرگ در مقادیر متقابل به دست آمده در محاسبات شاخص ANI که ناشی از الگوریتم محاسبه آن است، توسعه داده شد. علاوه بر این، در محاسبه شاخص OrthoANI  از ابزار USEARCH به جای BLAST برای محاسبات استفاده می شود که تعداد مطالعات مقایسه ای را افزایش می دهد و به طور قابل توجهی کاهش زمان محاسبات را در پی دارد. بدین منظور لازم است توالی ژنومی کامل دو سویه پروکاریوتی ارسال شود تا ارزیابی دو به دو صحیح صورت گیرد.  

روش کار: نمونه های ارسالی ابتدا از نظر کیفیت توالی ها  مورد ارزیابی قرار میگیرند. بعد از تایید اولیه، توالی های دو نمونه با استفاده از الگوریتم های مورد تایید کمیته بین المللی سیستماتیک پروکاریوت ها، ارزیابی و نتیجه بررسی اعلام می گردد.

حیطه خدمت: تنها سکانس های معتبر سرهم بندی شده (Assembled) که مشخصاٌ مربوط به سویه های با قرابت ژنتیکی بالا هستند قابل ارزیابی با تکنیک مذکور می باشند.

جنبه های قانونی و حیطه تعهدات:

تنها سکانس های معتبر سرهم بندی شده (Assembled)  کیفیت لازم برای بررسی با این روش را دارند. در غیر اینصورت مرکز مسئولیتی در قبال ارائه نتیجه مناسب بر عهده نمی گیرد.

 نحوه ارسال جواب خدمت:

نتایج همراه با تائید و امضای مدیریت بانک و کارشناس مربوطه به صورت میزان شاخص OrthoANI تحویل می گردد.