نام خدمت: شناسایی پلی فازیک سیانوباکترهای رشته ای بدون هتروسیست
نام خدمت: شناسایی پلی فازیک سیانوباکترهای رشته ای بدون هتروسیست
کد خدمتMI15 :
شرح خدمت و هدف آن
امروزه شناسایی میکروارگانیسم ها بر پایه رویکرد پلی فازیک می باشد بدین صورت که داده های حاصل از شناسایی مولکولی و مورفولوژیک در کنار داده های فیزیولوژیک و اکولوژیک برای تعیین جایگاه مناسب جدایه مربوطه استفاده می شود. بدلیل وجود خلاهای موجود در شناسایی سیانوباکترها استفاده از کلیدهای معتبر شناسایی سیانوباکترها به محققان پیشنهاد می شود.
شرایط نمونه
نمونه ها باید تازه باشند و می توان به صورت کشت خطی در پلیت یا اسلنت در لوله فرستاده شوند، اطلاعات مربوط به محیط کشت، شرایط رشد و نیازمندی های خاص در فرم ذکر شوند. جدایه هایی که شرایط رشد اکستریم دمایی داشته باشند پذیرفته نمی شوند. بدلیل آنکه در برخی تاکسون ها اطلاعات اکولوژیک کمک کننده می باشند اطلاعات مربوطه همراه فرم ارائه شوند.
روش کار
شناسایی مولکولی با استفاده از پرایمرهای مخصوص بر پایه ژن 16S rRNA می باشد و شناسایی مورفولوژیک نیز با استفاده از کلید معتبر Oscillatoriales انجام می شود(Komarek, 2005). عکسبرداری با استفاده از میکرسکوپ نوری و فازکنتراست Nikon 80i انجام می شود.
حیطه خدمت
شناسایی سیانوباکترها بر پایه مورفولوژیک می باشد و در دهه های اخیر توالی یابی ژن 16S rRNA به عنوان یک استاندارد مناسب برای شناسایی سیانوباکترها توصیه می شود. با توجه به اینکه پایگاه داده مناسبی وجود ندارد و بسیاری از سویه های استانداردی که در کلیدها و بانک های معتبر وجود دارند شناسایی مولکولی نشده یا شناسایی پلی فازیک نشده اند به همین دلیل شناسایی دقیق در حد گونه دشوار و تنها در برخی تاکسون ها می توان شناسایی دقیق انجام داد. لذا شناسایی جدایه های جدید در حد جنس قابل عرضه می باشد.
شناسایی مولکولی بر پایه ژن 16S rRNA در مواردی موثر نخواهد بود به همین دلیل شناسایی بر پایه مورفولوژیک ترجیح داده می شود.
در این روش شناسایی امکان کار بر روی سیانوباکترهای تک سلولی و رشته هتروسیت دار و جدایه های مربوطه به این تاکسون ها وجود ندارد. همچنین برخی تاکسون ها برای شناسایی دقیق نیاز به توالی یابی ناحیه ITS می باشد که در صورت لزوم با متقاضی هماهنگی به عمل خواهد آمد.
جنبه های قانونی و حیطه تعهدات در مورد خدمت
هر گونه اعتراض به نتایج فوق حداکثر تا 10 روز پس از تاریخ صدور نتایج قابل بررسی است.
نمونه های مشتریان تا 1 ماه پس از اعلام نتایج در بانک نگهداری می شوند و در صورت نیاز مشتری به تکرار آزمایشات بعد از این مدت ، هیچ مسئولیتی متوجه بانک میکروارگانیسمها نمی باشد.
نتایج تست های فوق فقط در محدوده ذکر شده معتبر است و تعیین توالی حداکثر دو بار رفت و برگشت صورت میگیرد، لذا در صورت عدم کیفیت مناسب سکانس ها بعد از دوبار خوانش مسئولیتی بر عهده مرکز نمی باشد و نیاز به انجام آزمایشات بیشتر و تکرار آنها، با صرف هزینه قابل انجام است.
نحوه ارسال جواب خدمت
نتایج به صورت جدول ارزیابی کامل سکانس ها در پایگاه داده NCBI همراه با فایل های پیوست سکانس ها، نرم افزار Chromas pro و رفرانس استخراج DNA به همراه نام و توالی پرایمرها ارائه می شود. توجه داشته باشید که در این روش تصویر ژل و زیر پروتکل استخراج یا PCR ارائه نمی شود. شناسایی مورفولوژیک شامل توصیف صفات مهم جدایه مربوطه بر طبق جایگاه آن اعم از تریکوم، سلول و فرم کلنی می باشد، عکس های مربوطه نیز به همراه توصیف ارائه می شود.