شناسایی مولکولی ریز جلبک های یوکاریوتی و سیانوباکتری ها: تعیین توالی قطعه ITS

نام خدمت: شناسایی مولکولی ریز جلبک های یوکاریوتی و سیانوباکتری ها: تعیین توالی  قطعه ITS

کد خدمت: MI12 

شرح خدمات و هدف آن

شناسایی مولکولی با استفاده از تعیین توالی ژن های حفاظت شده یک روش مهم در بیوتکنولوژی و ژنتیک مولکولی است که برای شناسایی و دسته‌بندی میکروارگانیسم ها مورد استفاده قرار میگیرد. امروز شناسایی اولیه ریزجلبک ها و سیانوباکتری ها بر پایه خصوصیات مورفولوژیک می باشد و شناسایی مولکولی بر پایه ژن 18S rRNA می باشد. با این وجود به علت گستردگی و تنوع سویه های ریزجلبکی استفاده از این ژن در برخی  تاکسون ها جوابگو نمی باشد و استفاده از ژن های دیگر از جمله توالی یابی ناحیه ITS توصیه می شود. این ناحیه بین 18S rRNA و 5S rRNA  یوکاریوت ها می باشد و در برخی تاکسون ها قدرت تفکیک بین گونه ای نیز دارد. طول این قطعهحدکثر 600 جفت باز میباشد.  

شرایط نمونه

نمونه ها باید تازه باشند که می توانند به صورت کشت خطی در پلیت و یا به شکل اسلنت در لوله فرستاده شوند، میزان آلودگی باکتریایی باید در کمترین حد باشد و بهتر است به صورت خالص باشد، لازم به ذکر می باشد که نمونه هایی که آلودگی بالایی دارند پذیرفته نمی شوند و باید ابتدا خالص سازی شوند. اطلاعات سویه شامل نام سویه، نام محیط کشت، شرایط بهینه رشد و نیازمندی های خاص باید در فرم ذکر شوند، کشت سویه در آزمایشگاه انجام نمی شود مگر اینکه با مشتری هماهنگ شود پس خواهشمند است اطلاعات به طور کامل در فرم ذکر شوند.

 روش کار

این خدمت شامل فرآیند استخراج DNA، انجام PCR، تعیین توالی (حداکثر دو بار رفت و برگشت)، بررسی پیک های تحویلی و Blast سویه ها در پایگاه داده NCBI می باشد.

حیطه خدمت

شناسایی مولکولی نسبی در بانک میکروارگانیسم ها برای سویه های با ریسک گروپ 2 (بیماریزا)  و بالاتر قابل انجام نمی باشد. همچنین کلیه تست ها با استفاده از سوبستراهای رایج مورد بررسی برای شناسایی مولکولی انجام می شود.  

جنبه های قانونی و حیطه تعهدات در مورد خدمت

هر گونه اعتراض به نتایج فوق حداکثر تا  10 روز  پس از تاریخ صدور نتایج  قابل بررسی است.

نمونه های مشتریان تا 1 ماه پس از اعلام نتایج در بانک نگهداری می شوند و در صورت نیاز مشتری به تکرار آزمایشات بعد از این مدت ،  هیچ مسئولیتی متوجه بانک میکروارگانیسمها نمی باشد.

نتایج تست های فوق فقط در محدوده ذکر شده معتبر است و  تعیین توالی حداکثر دو بار رفت و برگشت صورت میگیرد، لذا در صورت عدم کیفیت مناسب سکانس ها بعد از دوبار خوانش مسئولیتی بر عهده مرکز نمی باشد و نیاز به انجام آزمایشات بیشتر و تکرار آنها، با صرف هزینه قابل انجام است.

نحوه ارسال جواب خدمت

نتایج به صورت جدول ارزیابی کامل سکانس ها در پایگاه داده NCBI همراه با فایل های پیوست سکانس ها، نرم افزار Chromas pro و  رفرانس استخراج DNA به همراه نام و توالی پرایمرها ارائه می شود. توجه داشته باشید که در این روش تصویر ژل و زیر پروتکل استخراج یا PCR ارائه نمی شود.