اصول آنالیز کمی داده های متاژنوم توصیفی (۱۶S/۱۸S rDNA Metagenomics) با پکیج QIIME۲
اصول آنالیز کمی داده های متاژنوم توصیفی (16S/18S rDNA Metagenomics) با پکیج QIIME2
سرفصلها:
- مروری بر مبانی متاژنومیکس
- اصول توالی یابی DNA با پلاتفرمهای مختلف Next Generation Sequencing با تاکید بر Illumina
- نحوه آماده سازی نمونه های متاژنومی از نمونه گیری تا ایجاد کتابخانه ژنی
- انجام عملی تهیه کتابخانه ژنی جهت آماده سازی نمونه ها برای توالی یابی
- نکاتی پیرامون توالی یابی نمونه های 16S/18S Metagenome با پلاتفرم Illumina Miseq
- نحوه مدیریت داده های خام حاصل از توالی یابی متاژنوم
- آشنایی با نحوه نصب و کاربری پکیج QIIME2 در محیط لینوکس و Virtual Box
- مبانی آنالیز داده ها با پکیج QIIME2 و کمی سازی نتایج آن شامل:
* نحوه ایجاد فایل های متادیتا و مانیفست
* نحوه demultiplexing داده ها و تجمیع داده های Paired-end
نحوه انجام کنترل کیفی داده های خام، denoising و کلاستر سازی داده ها
* نحوه بدست آوردن و تفسیر Feature table
* نحوه فیلتر کردن Feature table و توالی ها
* آنالیز تنوع فیلوژنی
* آنالیز تنوع آلفا و بتا در درون و مابین نمونه های مورد مطالعه
* طبقه بندی و آنالیز تاکسونومی
* آنالیز ANCOM برای بدست آوردن تفاوت فراوانی مابین گروههای متمایز در نمونه ها
* رسم HeatMap، آنالیز Core microbiome ، آنالیز PICRUSt
* آنالیزهای آماری تکمیلی
جهت ثبت نام اینجا کلیک نموده و یا برای کسب اطلاعات بیشتر با شماره تلفن 02188525383 تماس حاصل نمایید.
