نام خدمت: شناسایی مولکولی قارچ¬های رشته¬ای با تعیین تشابه یکی از قطعات کد کننده پروتئین در قارچ ها (قارچ-های رشته¬ای و مخمرها)
نام خدمت: شناسایی مولکولی قارچهای رشتهای با تعیین تشابه یکی از قطعات کد کننده پروتئین در قارچ ها (قارچهای رشتهای و مخمرها)
کد خدمت: MI06
شرح خدمت و هدف آن
در بسیاری از شاخههای قارچی استفاده از مارکر ITS به تنهایی برای شناسایی در حد گونه کافی نمیباشد. ژنهای کد کننده پروتئین به دلیل حضور مناطق اینترون که در مقایسه با ITS تا حدودی سریعتر تکامل مییابند و قدرت تفکیک بالاتری در سطوح تاکسونومیک بالاتر در مقایسه با ژنهای ریبوزومی دارند، برای شناسایی گونه مورد استفاده قرار میگیرند. آنالیز این توالیها میتواند با دقت بالایی مکملی برای نتایج آنالیز توالی یک قطعه ریبوزومی باشد. یک یا چند ژن کد کننده پروتئین ممکن است برای تعیین گونه قارچی مورد نیاز باشد که بر اساس شناسایی فنوتیپی و مولکولی اولیه انتخاب خواهند شد.
برای مثال اگر ژن کد کننده پروتئینی بتاتوبولین انتخاب شود، شناسایی با بکارگیری پرایمرهای BTub2Fd و BTub4Rdانجام میشود.
شرایط نمونه
سویه مورد بررسی به صورت دو پلیت کشت فعال خالص و تازه تحویل گرفته می شود. درج اطلاعات اولیه مورد نیاز مانند نام سویه، محیط کشت مورد استفاده و ترکیب آن، دمای رشد و مدت زمان لازم برای گرماگذاری و مشخصات اولیه مانند رنگ کلنی و شکل میکروسکوپی ضروری می باشد.
روش کار
این خدمت شامل فرآیند استخراج DNA، انجام PCR، تعیین توالی (حداکثر دو بار رفت و برگشت)، بررسی پیک های تحویلی و Blast سویه ها در پایگاه داده CBS و NCBI می باشد.
حیطه خدمت
شناسایی مولکولی نسبی در بانک میکروارگانیسم ها برای سویه های با ریسک گروپ 2 (بیماریزا) و بالاتر قابل انجام نمی باشد. همچنین کلیه تست ها با استفاده از سوبستراهای رایج مورد بررسی برای شناسایی مولکولی انجام می شود.
جنبه های قانونی و حیطه تعهدات
هر گونه اعتراض به نتایج فوق حداکثر تا 10 روز پس از تاریخ صدور نتایج قابل بررسی است.
نمونه های مشتریان تا 1 ماه پس از اعلام نتایج در بانک نگهداری می شوند و در صورت نیاز مشتری به تکرار آزمایشات بعد از این مدت ، هیچ مسئولیتی متوجه بانک میکروارگانیسمها نمی باشد.
نتایج تست های فوق فقط در محدوده ذکر شده معتبر است و تعیین توالی حداکثر دو بار رفت و برگشت صورت میگیرد، لذا در صورت عدم کیفیت مناسب سکانس ها بعد از دوبار خوانش مسئولیتی بر عهده مرکز نمی باشد و نیاز به انجام آزمایشات بیشتر و تکرار آنها، با صرف هزینه قابل انجام است.
نحوه ارسال جواب خدمت
نتایج به صورت جدول ارزیابی کامل سکانس ها در پایگاه های داده همراه با فایل های پیوست سکانس ها، نرم افزار Chromas pro و رفرانس استخراج DNA به همراه نام و توالی پرایمرها ارائه می شود. توجه داشته باشید که در این روش تصویر ژل و زیر پروتکل استخراج یا PCR ارائه نمی شود.
