نام خدمت: شناسایی مولکولی قارچ­های رشته ه­ای با تعیین توالی نسبی ناحیه ITS

نام خدمت: شناسایی مولکولی قارچ­های رشته ه­ای با تعیین توالی نسبی ناحیه ITS

کد خدمت: MI05

شرح خدمت و هدف آن

استخراج DNA در قارچ­ها با توجه به ساختار مقاوم دیواره آن­ها با ترکیبی از روش­های شیمیایی و مکانیکی انجام می­شود و ژنوم استخراج شده با استفاده از الکتروفورز و تعیین غلظت DNA استخراج شده به لحاظ کیفیت و کمیت مورد بررسی قرار می­گیرد. شناسایی قارچ­های رشته­ای با استفاده از تعیین توالی ناحیه ITS و با بکارگیری پرایمرهای ITS1 و  ITS4انجام می­شود. در این روش با تعیین توالی ناحیه مذکور، امکان تشخیص و مقایسه تنوع ژنتیکی بین قارچ­های رشته­ای فراهم می‌شود. طول این قطعه 600 جفت باز است که در این روش شناسایی حداکثر 500 جفت باز از توالی کامل صورت می­گیرد و به همین دلیل تحت نام شناسایی نسبی شناخته می­شود. شناسایی قارچ­های رشته­­ای با استفاده از ناحیه ITS همواره به شناسایی آن­ها در سطح گونه منجر نمی­شود.   

شرایط نمونه

سویه مورد بررسی به صورت دو پلیت کشت فعال خالص و تازه تحویل گرفته می شود. درج اطلاعات اولیه مورد نیاز مانند نام سویه، محیط کشت مورد استفاده و ترکیب آن، دمای رشد و مدت زمان لازم برای گرماگذاری و مشخصات اولیه مانند رنگ کلنی و شکل میکروسکوپی ضروری می باشد.

روش کار

این خدمت شامل فرآیند استخراج DNA، انجام PCR، تعیین توالی (حداکثر دو بار رفت و برگشت)، بررسی پیک های تحویلی و Blast سویه ها در پایگاه داده CBS و NCBI می باشد.

حیطه خدمت

شناسایی مولکولی نسبی در بانک میکروارگانیسم ها برای سویه های با ریسک گروپ 2 (بیماریزا)  و بالاتر قابل انجام نمی باشد. همچنین کلیه تست ها با استفاده از سوبستراهای رایج مورد بررسی برای شناسایی مولکولی انجام می شود.

جنبه های قانونی و حیطه تعهدات

هر گونه اعتراض به نتایج فوق حداکثر تا  10 روز  پس از تاریخ صدور نتایج  قابل بررسی است.

نمونه های مشتریان تا 1 ماه پس از اعلام نتایج در بانک نگهداری می شوند و در صورت نیاز مشتری به تکرار آزمایشات بعد از این مدت ،  هیچ مسئولیتی متوجه بانک میکروارگانیسمها نمی باشد.

نتایج تست های فوق فقط در محدوده ذکر شده معتبر است و  تعیین توالی حداکثر دو بار رفت و برگشت صورت میگیرد، لذا در صورت عدم کیفیت مناسب سکانس ها بعد از دوبار خوانش مسئولیتی بر عهده مرکز نمی باشد و نیاز به انجام آزمایشات بیشتر و تکرار آنها، با صرف هزینه قابل انجام است.

نحوه ارسال جواب خدمت

نتایج به صورت جدول ارزیابی کامل سکانس ها در پایگاه های داده همراه با فایل های پیوست سکانس ها، نرم افزار Chromas pro و  رفرانس استخراج DNA به همراه نام و توالی پرایمرها ارائه می شود. توجه داشته باشید که در این روش تصویر ژل و زیر پروتکل استخراج یا PCR ارائه نمی شود.